| File | 事件タイトル | 巻数 | 発売日 | 裏表紙 | TVタイトル |
| 533 | 挙動不審!? | 52 | 2006/1/14 | 山村刑事の祖母 | 453 因縁と友情の試写会 |
| 534 | 因縁の試写会 | ||||
| 535 | 式場パニック | 449 本庁の刑事恋物語 ～偽りのウエディング～ | |||
| 536 | 招かれざる客 | ||||
| 537 | ウェディング・バトル | ||||
| 538 | 常識はずれの部屋 | 454~455 ひっくり返った結末 | |||
| 539 | 逆さまミステリー | ||||
| 540 | 隠したかったもの | ||||
| 541 | 園子の赤いハンカチ | 457~458 園子の赤いハンカチ | |||
| 542 | カタカナの名前 | ||||
| 543 | スーパーマン | ||||
| 544 | 紅蓮 | 53 | 2006/02/17 | 東尾マリア | 469~470 怪盗キッドと四名画 |
| 545 | 金色 | ||||
| 546 | 青嵐 | ||||
| 547 | 純白 | ||||
| 548 | 怪人二百面相 | 460 １年Ｂ組大作戦！ | |||
| 549 | １年Ｂ組大作戦 | ||||
| 550 | 目撃者は一人 | 462 黒の組織の影 幼い目撃者 463 黒の組織の影 奇妙な照明 464 黒の組織の影 謎の高額報酬 465 黒の組織の影 真珠の流れ星 | |||
| 551 | 釘とへび | ||||
| 552 | トンカチの正体 | ||||
| 553 | 不可思議なバイト | ||||
| 554 | 夕食の献立 | 54 | 2006/06/16 | 越水七規 | |
| 555 | 夢見るスター | ||||
| 556 | 探偵団の雪ダルマ | 466~467 割れない雪だるま | |||
| 557 | 転落の軌跡 | ||||
| 558 | 破局の雪山 | ||||
| 559 | 人を飲む部屋 | 479 服部平次との３日間 | |||
| 560 | 幻の死体 | ||||
| 561 | 血痕のカラクリ | ||||
| 562 | 東の高校生探偵 | ||||
| 563 | 探偵甲子園 | ||||
| 564 | 密室証明 | ||||
| 565 | 探偵たちの名推理 | 55 | 2006/09/15 | 黒羽盗一 | |
| 566 | 熱血探偵 | ||||
| 567 | 元太のシュート | 476~477 元太の必殺シュート | |||
| 568 | 元太とエル | ||||
| 569 | イタズラ坊主 | ||||
| 570 | 月下 | 472~473 工藤新一少年の冒険 | |||
| 571 | 黎明 | ||||
| 572 | 白昼 | ||||
| 573 | 落日 | ||||
| 574 | 秘密の妃英理① | 474 妃英理弁護士の恋 | |||
| 575 | 秘密の妃英理② | ||||
| 576 | 婚約指輪①!? | 56 | 2007/01/13 | イーサン・本堂 | 487 本庁の刑事恋物語８ ～左手の薬指～ |
| 577 | 婚約指輪②!? | ||||
| 578 | 婚約指輪③!? | ||||
| 579 | 鬼婆伝説殺人事件① | 481~482 山姥の刃物 | |||
| 580 | 鬼婆伝説殺人事件② | ||||
| 581 | 鬼婆伝説殺人事件③ | ||||
| 582 | 西からの手がかり | 484~485 黒い写真の行方 | |||
| 583 | 写真の行方 | ||||
| 584 | カンパニー | ||||
| 585 | 間違い電話!? | 491 赤と黒のクラッシュ 発端 492 赤と黒のクラッシュ 血縁 493 赤と黒のクラッシュ 絶叫 494 赤と黒のクラッシュ 冥土 | |||
| 586 | 血が語る真実 | ||||
| 587 | 母の遺品 | 57 | 2007/04/05 | ジェイムズ・ブラック | |
| 588 | 死を呼ぶ片手袋 | ||||
| 589 | 黄泉からの殺人者 | ||||
| 590 | 哀しみの手袋 | ||||
| 591 | 悪魔が来たりて… | 488 テレビ局の悪魔 | |||
| 592 | 悪魔のカラクリ | ||||
| 593 | 悪魔の涙 | ||||
| 594 | 逃亡者 | ||||
| 595 | 鴉の唄 | 495 赤と黒のクラッシュ 昏睡 496 赤と黒のクラッシュ 侵入 497 赤と黒のクラッシュ 覚醒 498 赤と黒のクラッシュ 攪乱 499 赤と黒のクラッシュ 偽装 500 赤と黒のクラッシュ 遺言 | |||
| 596 | ２本目の糸 | ||||
| 597 | 偽りの患者 | ||||
| 598 | 追跡、そして… | 58 | 2007/07/18 | アンドレ・キャメル | |
| 599 | 赤井の過去 | ||||
| 600 | イチかバチか… | ||||
| 601 | 擬装 | ||||
| 602 | 最終手段 | ||||
| 603 | 任務（ミッション） | ||||
| 604 | 姉弟 | ||||
| 605 | 意外な容疑者 | 501 赤と黒のクラッシュ 嫌疑 502 赤と黒のクラッシュ 潔白 503 赤と黒のクラッシュ 決死 504 赤と黒のクラッシュ 殉職 | |||
| 606 | 13日の金曜日 | ||||
| 607 | キャメルの過去 | ||||
| 608 | 魔法の呪文 | ||||
| 609 | 鋼の楔 | 59 | 2007/10/18 | 大和敢助 | |
| 610 | 音 | 505~506 妃英理弁護士の証言 | |||
| 611 | 空飛ぶ死体 | ||||
| 612 | 力学とアリバイ | ||||
| 613 | 百足（むかで） | 516 風林火山 迷宮の鎧武者 517 風林火山 陰と雷光の決着 | |||
| 614 | 鎧武者 | ||||
| 615 | 兵法 | ||||
| 616 | 風林火山 | ||||
| 617 | 戦 | ||||
| 618 | 陰と雷 | ||||
| 619 | 疑惑の瑛祐 | 507~508 カラオケボックスの死角 | |||
| 620 | 消えた鈍器 | 60 | 2008/01/12 | 沖矢昴 | |
| 621 | 瑛祐の告白 | ||||
| 622 | 赤白黄色 | 509 赤白黄色と探偵団 510 コナンVSＷ暗号ミステリー(前半) | |||
| 623 | クロシロ君 | ||||
| 624 | 新たな隣人 | ||||
| 625 | ハンマー男 | 530-531 都市伝説・ハンマー男の正体 | |||
| 626 | 届けられた悪意 | ||||
| 627 | ハンマー男の正体 | ||||
| 628 | 殺意のコーヒー | 513~514 殺意はコーヒーの香り | |||
| 629 | 不可能犯罪 | ||||
| 630 | 苦い真実 | ||||
| 631 | 紫紅の爪（パープル・ネイル） | 61 | 2008/04/03 | 鈴木次郎吉 | 515 怪盗キッドの空中飛行魔術 |
| 632 | 瞬間移動 | ||||
| 633 | ３つのタブー | ||||
| 634 | Zero（ゼロ） | ||||
| 635 | 燃える | 524~525 憎しみの青い火花 | |||
| 636 | 火種 | ||||
| 637 | バチバチ | ||||
| 638 | 紙飛行機 | 510 コナンVSＷ暗号ミステリー(後半) 511 推理対決! 新一VS沖矢昴 | |||
| 639 | メッセージ | ||||
| 640 | レスキュー | ||||
| 641 | 隠滅 | 526 真犯人からの届け物 | |||
| 642 | 偽りの友情 | 62 | 2008/08/11 | 死羅神様 | |
| 643 | イカロスの翼 | 528-529 柔よく謎を制す | |||
| 644 | 返し技 | ||||
| 645 | ケガの功名 | ||||
| 646 | 憎悪の村 | 521 殺人犯、工藤新一 522 新一の正体に蘭の涙 523 本当に聞きたいコト | |||
| 647 | 失われた記憶 | ||||
| 648 | 工藤新一の殺人 | ||||
| 649 | 死羅神様 | ||||
| 650 | 止まらぬ涙 | ||||
| 651 | 正体 | ||||
| 652 | ホントに聞きたいコト | ||||
| 653 | オレの推理 | 63 | 2008/11/07 | 小嶋元次 | |
| 654 | 推理の答え | ||||
| 655 | 回る凶器 | 549~550 回転寿司ミステリー | |||
| 656 | 狙い撃ち | ||||
| 657 | 毒物のありか | ||||
| 658 | 猪･鹿･蝶 | 551~552 犯人は元太の父ちゃん | |||
| 659 | 八百一と尺八と一品 | ||||
| 660 | 選手権の目的 | ||||
| 661 | 銀白の魔女 | 545~546 霧にむせぶ魔女 | |||
| 662 | 白のFD | ||||
| 663 | 魔女の正体 |
