| File | 事件タイトル | 巻数 | 発売日 | 裏表紙 | TVタイトル |
| 393 | 誘う赤馬 | 39 | 2002/11/18 | 弓長警部 | 325~327 炎の中に赤い馬 |
| 394 | 赤馬の影 | ||||
| 395 | 赤馬の持ち主 | ||||
| 396 | 赤馬の目撃者 | ||||
| 397 | 愚かなる模倣 | ||||
| 398 | 引きさかれた友情① | 329~330 お金で買えない友情 | |||
| 399 | 引きさかれた友情② | ||||
| 400 | 引きさかれた友情③ | ||||
| 401 | 小さな依頼者 | 354~355 小さな依頼者 | |||
| 402 | ホクロのある女性 | ||||
| 403 | 赤いホクロ…!? | ||||
| 404 | 甘いデートにご注意を！ | 40 | 2003/2/18 | フサエ・キャンベル ・木之下 |
358~359 本庁の刑事恋物語５ |
| 405 | 不純な大捜索 | ||||
| 406 | 不純な大捕り物 | ||||
| 407 | 思い出のテニスコート | 331~332 疑惑の辛口カレー | |||
| 408 | 疑惑のカレー | ||||
| 409 | 声が出ない…!? | ||||
| 410 | 博士の初恋 | 421~422 イチョウ色の初恋 | |||
| 411 | 思い出の場所 | ||||
| 412 | 初恋・再会・別れ | ||||
| 413 | 小五郎大失態 | 333~334 似た者プリンセス | |||
| 414 | ママはライバル!? | 41 | 2003/4/09 | 宮野明美 | |
| 415 | 疑惑の銃声 | ||||
| 416 | 闇の男爵夫人登場 | ||||
| 417 | 暗闇は死の罠の扉 | 335~336 東都現像所の秘密 | |||
| 418 | 暗闇の音なき殺人 | ||||
| 419 | 黒い光の謎 | ||||
| 420 | 迫る包囲網 | 338~339 ４台のポルシェ | |||
| 421 | そこにある危機 | ||||
| 422 | 逃れられないターゲット | ||||
| 423 | ある来訪者の残した謎… | 340~341 トイレに隠した秘密 | |||
| 424 | 小さな密室に残された秘密 | ||||
| 425 | 隠されていた真実 | 42 | 2003/7/18 | ジョディ・ スターリング |
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| 426 | good-bye ジョディ | 343~344 コンビニの落とし穴 | |||
| 427 | 蘭の推理 | ||||
| 428 | 信じられない結末 | ||||
| 429 | 満月の夜と黒い宴の罠 | 345 黒の組織と真っ向勝負 ～満月の夜の二元ミステリー～ | |||
| 430 | 血塗られた幽霊船 | ||||
| 431 | 透明人間現る！ | ||||
| 432 | 工藤新一登場!? | ||||
| 433 | 仮面の下の真実 | ||||
| 434 | ラットゥンアップル | ||||
| 435 | 雨中の刻印 | 346~347 お尻のマークを探せ！ | |||
| 436 | おしりの印を探せ！ | 43 | 2003/10/18 | 榎本梓 | |
| 437 | 灰原哀の決意 | ||||
| 438 | 忘れられた携帯電話 | 350~351 忘れられた携帯電話 | |||
| 439 | 奇妙なメモリー | ||||
| 440 | もうひとつの名探偵 | ||||
| 441 | どっちの推理ショー!? | 381~382 どっちの推理ショー | |||
| 442 | 六面体のメッセージ | ||||
| 443 | ダイイングメッセージの裏を読め！ | ||||
| 444 | 仕組まれたメッセージ | ||||
| 445 | 53,000分の1の悪魔 | 383 甲子園の奇跡！ ～見えない悪魔に負けず嫌い～ | |||
| 446 | 甲子園の魔物の挑発 | ||||
| 447 | ３つの数字の謎を解け！ | 44 | 2004/1/18 | 中森銀三 | |
| 448 | ヒントが無い!? | ||||
| 449 | 試合終了…!? | ||||
| 450 | 天国から地獄!? | 390~391 本庁の刑事恋物語６ | |||
| 451 | 全然平気!? | ||||
| 452 | 疑わないの？ | ||||
| 453 | 奇蹟 | 356 怪盗キッドの驚異空中歩行 | |||
| 454 | 驚愕 | ||||
| 455 | 戦慄 | ||||
| 456 | 脱出 | ||||
| 457 | 学校奇譚 | 361~362 帝丹高校学校怪談 | |||
| 458 | 足跡はどこに!? | 45 | 2004/4/05 | 塚本数美 | |
| 459 | 残された机の真実 | ||||
| 460 | 海の上の開かれた密室 | 366~367 丸見え埠頭の惨劇 | |||
| 461 | 釣りエサは毒!? | ||||
| 462 | 嬉しい火傷 | ||||
| 463 | 秀吉の大返し | 371~372 物言わぬ航路 | |||
| 464 | 違和感… | ||||
| 465 | 大空の裏道 | ||||
| 466 | 星より密かに | 374~375 星と煙草の暗号 | |||
| 467 | 星を見たかい | ||||
| 468 | 星に願いを | ||||
| 469 | 星は何でも知っている | 46 | 2004/7/16 | 羽賀響輔 | |
| 470 | 前奏曲（プレリュード） | 385~387 ストラディバリウスの不協和音 | |||
| 471 | 狂想曲（カフリッチョ） | ||||
| 472 | 鎮魂曲（レクイエム） | ||||
| 473 | 即興曲（アンプロンプテュ） | ||||
| 474 | 幻想曲（ファンタジア） | ||||
| 475 | 封印 | 394~396 奇抜な屋敷の大冒険 | |||
| 476 | 絡繰（からくり） | ||||
| 477 | 神器（じんぎ） | ||||
| 478 | 不滅 | ||||
| 479 | 疑惑のメール | 398~399 奇妙な一家の依頼 400 疑惑を持った蘭 | |||
| 480 | 疑惑の推理 | 47 | 2004/10/18 | 宮本由美 | |
| 481 | 疑惑のアリバイ | ||||
| 482 | 疑惑の真相 | ||||
| 483 | ロックをはずして… | ||||
| 484 | 彼氏から彼女へ | 401~402 宝石強盗現行犯 | |||
| 485 | 自殺から他殺へ | ||||
| 486 | 天空から地上へ | ||||
| 487 | 出現マジック | 406~408 コナン平次の推理マジック | |||
| 488 | 禁じられたファイル | ||||
| 489 | 奇術師の館 | ||||
| 490 | 奇術師失格 | ||||
| 491 | 夏休みの暗号 | 48 | 2005/1/14 | 水無怜奈 (本堂瑛海） |
411~412 神社鳥居ビックリ暗号 |
| 492 | 寝転んで顔を洗え！ | ||||
| 493 | パーフェクト解読!! | ||||
| 494 | 悪霊の棲む屋敷 | 415~417 仏滅に出る悪霊 | |||
| 495 | 13年前の悪夢 | ||||
| 496 | 蘇る悪霊 | ||||
| 497 | 見過ごしていたもの | ||||
| 498 | 13年目の衝撃 | ||||
| 499 | ピンポンダッシュ | 425 ブラックインパクト！ ～組織の手が届く瞬間～ | |||
| 500 | 新たなる黒の者 | ||||
| 501 | ターゲットを追え！ | 49 | 2005/4/06 | 本堂瑛祐 | |
| 502 | 新たなる指令 | ||||
| 503 | 黒の組織vs.FBI① | ||||
| 504 | 黒の組織vs.FBI② | ||||
| 505 | 新しい先生 | 427~428 超秘密の通学路 | |||
| 506 | 秘密の通学路① | ||||
| 507 | 秘密の通学路② | ||||
| 508 | 戻れない二人 | 429~430 もう戻れない二人 | |||
| 509 | 密閉された車 | ||||
| 510 | 偽りの愛情 | ||||
| 511 | 緊迫のコンパ | 50 | 2005/7/16 | 小林澄子 | 431~432 本庁の刑事恋物語７ |
| 512 | 秘密の家庭訪問 | ||||
| 513 | つまんない試合 | ||||
| 514 | 大当たり！ | ||||
| 515 | ワクワク取材 | 435~436 探偵団に注目取材 | |||
| 516 | 真犯人の伝言 | ||||
| 517 | ザ・少年探偵団 | ||||
| 518 | 平次の思い出 | 490 服部平次ｖｓ工藤新一 ～ゲレンデの推理対決～ | |||
| 519 | 雪女の計 | ||||
| 520 | 謎のリフト | ||||
| 521 | 雪女の銀衣伝説 | ||||
| 522 | 吹雪の中の復讐 | 51 | 2005/10/18 | 栗山緑 | |
| 523 | おさかな事件 | 438 お魚メールの追跡 | |||
| 524 | ３匹の魚 | ||||
| 525 | ため息潮干狩り | 443~444 ため息潮干狩り | |||
| 526 | ペットボトルの怪 | ||||
| 527 | 混入トリック | ||||
| 528 | ロシアンブルー | 445 ロシアンブルーの秘密 | |||
| 529 | ゴロはゴロでも!? | ||||
| 530 | 開かずの窓 | 446~447 封印された洋窓 | |||
| 531 | 作られた密室 | ||||
| 532 | 魔物の抜け穴 |
