| 話数 | 放映日時 | 放送タイトル | 原作ファイル | NEXTコナンズヒント | OP曲 | ED曲 |
| 129 | 1999/01/04 | 黒の組織から来た女 大学教授殺人事件 |
2HSP 18F6-19F1 |
青い帽子の男の子 | TRUTH ～A Great Detective of Love～ (124~142) |
氷の上に立つように (109~131) |
| 130 | 1999/01/11 | 競技場無差別脅迫事件(前編) | 19F9-20F1 | テレビカメラ | ||
| 131 | 1999/01/18 | 競技場無差別脅迫事件(後編) | ハンドルネーム | |||
| 132 | 1999/01/25 | 奇術愛好家殺人事件(事件編) | 20F2-F6 | ヨットの帆 | Still for your love (132~152) | |
| 133 | 1999/02/01 | 奇術愛好家殺人事件(疑惑編) | ボウガン | |||
| 134 | 1999/02/08 | 奇術愛好家殺人事件(解決編) | ゴミの日 | |||
| 135 | 1999/02/15 | 消えた凶器捜索事件 | ORG | チェスの駒 | ||
| 136 | 1999/02/22 | 青の古城探索事件(前編) | 20F10-21F3 | パスポートのサイズ | ||
| 137 | 1999/03/01 | 青の古城探索事件(後編) | 映画館の空調 | |||
| 138 | 1999/03/08 | 最後の上映殺人事件(前編) | 23F1-F3 | 鏡 | ||
| 139 | 1999/03/15 | 最後の上映殺人事件(後編) | 時計 | |||
| M02 | 1999/03/22 | 14番目の標的 | 映画 | ---- | 少女の頃に戻ったみたいに | |
| 140 | 1999/04/12 | SOS!歩美からのメッセージ | ORG | ペンダント | TRUTH ～A Great Detective of Love～ (124~142) |
Still for your love (132~152) |
| 141 | 1999/04/19 | 結婚前夜の密室事件(前編) | 21F11-22F3 | バッグ | ||
| 142 | 1999/04/26 | 結婚前夜の密室事件(後編) | 天体写真 | |||
| 143 | 1999/05/03 | 疑惑の天体観測 | ORG | Ｂ寝台 | ギリギリchop (143~167) |
|
| 144 | 1999/05/10 | 上野発北斗星3号(前編) | 22F4-F7 | 変装道具 | ||
| 145 | 1999/05/17 | 上野発北斗星3号(後編) | エアロバイク | |||
| 146 | 1999/05/24 | 本庁の刑事恋物語(前編) | 21F8-F10 | 本箱 | ||
| 147 | 1999/05/31 | 本庁の刑事恋物語(後編) | カメラケース | |||
| 148 | 1999/06/07 | 路面電車急停止事件 | ORG | 仮面ヤイバーショー | ||
| 149 | 1999/06/21 | 遊園地バンジー事件 | ORG | 車庫入れ | ||
| 150 | 1999/06/28 | 自動車爆破事件の真相(前編) | ORG | 窓 | ||
| 151 | 1999/07/05 | 自動車爆破事件の真相(後編) | 窓ガラス | |||
| 152 | 1999/07/12 | 謎の老人失踪事件 | ORG | 園子のカメラ | ||
| 153 | 1999/07/19 | 園子のアブない夏物語(前編) | 22F8-F10 | 歯形 | Free Magic (153~179) | |
| 154 | 1999/07/26 | 園子のアブない夏物語(後編) | クレヨン | |||
| 155 | 1999/08/02 | 水中の鍵密室事件 | ORG | 阿笠博士の新発明 | ||
| 156 | 1999/08/09 | 本庁の刑事恋物語2(前編) | 23F10-24F2 | サボテン | ||
| 157 | 1999/08/16 | 本庁の刑事恋物語2(後編) | ピンクのボールペン | |||
| 158 | 1999/08/23 | 沈黙の環状線 | ORG | ロープ | ||
| 159 | 1999/09/06 | 怪奇五重塔伝説(前編) | ORG | 財布 | ||
| 160 | 1999/09/13 | 怪奇五重塔伝説(後編) | フグの白子 | |||
| 161 | 1999/09/20 | 流水亭に流れる殺意 | ORG | 酔い止めの薬 | ||
| 162 | 1999/09/27 | 空飛ぶ密室 工藤新一最初の事件 | 1HSP 21F4-F7 |
1円玉 | ||
| 163 | 1999/10/11 | 月と星と太陽の秘密(前編) | 12F1-F3 | 20ドル紙幣 | ||
| 164 | 1999/10/18 | 月と星と太陽の秘密(後編) | 人形の数 | |||
| 165 | 1999/10/25 | 少年探偵団消失事件 | ORG | 魚の数 | ||
| 166 | 1999/11/01 | 鳥取クモ屋敷の怪(事件編) | 25F4-F8 | 美沙と紗栄と絵未 | ||
| 167 | 1999/11/08 | 鳥取クモ屋敷の怪(疑惑編) | ローマ字 | |||
| 168 | 1999/11/15 | 鳥取モク屋敷の怪(解決編) | 化粧品 | Mysterious Eyes (168~204) |
||
| 169 | 1999/11/22 | ビーナスのキッス | ORG | 漏電遮断機 | ||
| 170 | 1999/11/29 | 暗闇の中の死角(前編) | 24F3-F6 | やけどとケガ | ||
| 171 | 1999/12/06 | 暗闇の中の死角(後編) | 花火の音 | |||
| 172 | 1999/12/13 | よみがえる死の伝言(前編) | 25F1-F3 | 5円玉 | ||
| 173 | 1999/12/20 | よみがえる死の伝言(後編) | テニスボール | |||
| 174 | 2000/01/03 | 20年目の殺意 シンフォニー号連続殺人事件 |
2HSP 23F4-F9 |
石頭 | ||
| 175 | 2000/01/10 | 4回殺された男 | ORG | 発信機 | ||
| 176 | 2000/01/17 | 黒の組織との再会(灰原編) | 24F7-F11 | ハンカチ | ||
| 177 | 2000/01/24 | 黒の組織との再会(コナン編) | 蛍光塗料 | |||
| 178 | 2000/01/31 | 黒の組織との再会(解決編) | バスの時刻表 | |||
| 179 | 2000/02/07 | 喫茶店トラック乱入事件 | ORG | 彫像 | ||
| 180 | 2000/02/14 | 赤い殺意の夜想曲(前編) | ORG | ワイン | Secret of my heart (180~204) | |
| 181 | 2000/02/21 | 赤い殺意の夜想曲(後編) | アルファベット | |||
| 182 | 2000/02/28 | 大捜索9つのドア | ORG | ちりとり | ||
| 183 | 2000/03/06 | 危険なレシピ | ORG | ネックレス | ||
| 184 | 2000/03/13 | 呪いの仮面は冷たく笑う | 1HSP ORG |
にわか雨 | ||
| M03 | 2000/03/20 | 世紀末の魔術師 | 映画 | ---- | ONE | |
| 185 | 2000/04/10 | 殺された名探偵(前編) | ORG | 弾丸 | Mysterious Eyes (168~204) |
Secret of my heart (180~204) |
| 186 | 2000/04/17 | 殺された名探偵(後編) | 紅茶 | |||
| 187 | 2000/04/24 | 闇に響く謎の銃声 | ORG | 流れ弾 | ||
| 188 | 2000/05/01 | 命がけの復活 洞窟の探偵団 | 25F9-26F7 | 将棋 | ||
| 189 | 2000/05/08 | 命がけの復活 負傷した名探偵 | アイスコーヒー | |||
| 190 | 2000/05/15 | 命がけの復活 第三の選択 | 氷 | |||
| 191 | 2000/05/22 | 命がけの復活 黒衣の騎士 | 時計の文字盤 | |||
| 192 | 2000/05/29 | 命がけの復活 帰ってきた新一… | ピンクパールの ネックレス |
|||
| 193 | 2000/06/05 | 命がけの復活 約束の場所 | 春よ来い | |||
| 194 | 2000/06/12 | 意味深なオルゴール(前編) | 26F8-F10 | 扇風機 | ||
| 195 | 2000/06/19 | 意味深なオルゴール(後編) | 車 | |||
| 196 | 2000/06/26 | 見えない凶器 蘭の初推理 | ORG | 開いてる窓 | ||
| 197 | 2000/07/03 | スーパーカーの罠(前編) | ORG | コールタール | ||
| 198 | 2000/07/10 | スーパーカーの罠(後編) | ドアチェーン | |||
| 199 | 2000/07/17 | 容疑者・毛利小五郎(前編) | 27F1-F3 | ハヤシライス | ||
| 200 | 2000/07/24 | 容疑者・毛利小五郎(後編) | ペットボトル | |||
| 201 | 2000/07/31 | 10人目の乗客(前編) | ORG | 銀行の預金通帳 | ||
| 202 | 2000/08/07 | 10人目の乗客(後編) | お弁当 | |||
| 203 | 2000/08/14 | 黒いイカロスの翼(前編) | ORG | 風 | ||
| 204 | 2000/08/21 | 黒いイカロスの翼(後編) | 駅名板 | |||
| 205 | 2000/08/28 | 本庁の刑事恋物語3(前編) | 27F4-F7 | ローマ字 | 恋はスリル、ショック、 サスペンス (205~230) |
夏の幻 (205~218) |
| 206 | 2000/09/04 | 本庁の刑事恋物語3(後編) | カセットテープ | |||
| 207 | 2000/09/11 | 見事すぎた名推理 | ORG | 無人のロープウェイ | ||
| 208 | 2000/10/09 | 迷宮への入り口 巨大神像の怒り | 1HSP ORG |
スリップの跡 | ||
| 209 | 2000/10/16 | 龍神山転落事件 | ORG | 掛け軸 | ||
| 210 | 2000/10/23 | 五彩伝説の水御殿(前編) | ORG | 水車 | ||
| 211 | 2000/10/30 | 五彩伝説の水御殿(後編) | ハンター | |||
| 212 | 2000/11/06 | きのこと熊と探偵団(前編) | 27F10-28F2 | 松茸 | ||
| 213 | 2000/11/13 | きのこと熊と探偵団(後編) | 催涙スプレー | |||
| 214 | 2000/11/20 | レトロルームの謎事件 | ORG | 潮の満ち干き | ||
| 215 | 2000/11/27 | ベイ・オブ・ザ・リベンジ(前編) | ORG | 犬の名前 | ||
| 216 | 2000/12/04 | ベイ・オブ・ザ・リベンジ(後編) | アクセサリー | |||
| 217 | 2000/12/11 | 封印された目暮の秘密(前編) | 28F11-29F2 | 厚底ブーツ | ||
| 218 | 2000/12/18 | 封印された目暮の秘密(後編) | 10円玉 | |||
| 219 | 2001/01/08 | 集められた名探偵! 工藤新一VS怪盗キッド |
2HSP 30F4-F7 |
朝刊 | Start in my life (219~232) | |
| 220 | 2001/01/15 | 偽りだらけの依頼人(前編) | 28F3-F5 | バンテ―ジ | ||
| 221 | 2001/01/22 | 偽りだらけの依頼人(後編) | 番号札 | |||
| 222 | 2001/01/29 | そして人魚はいなくなった(事件編) | 28F6-F10 | 人魚の墓 | ||
| 223 | 2001/02/05 | そして人魚はいなくなった(推理編) | 保険証 | |||
| 224 | 2001/02/12 | そして人魚はいなくなった(解決編) | 手相 | |||
| 225 | 2001/02/19 | 商売繁盛の秘密 | ORG | ゲームキャラクター | ||
| 226 | 2001/02/26 | バトルゲームの罠(前編) | 27F7-F9 | 靴 | ||
| 227 | 2001/03/05 | バトルゲームの罠(後編) | 戸棚 | |||
| 228 | 2001/03/12 | 殺意の陶芸教室(前編) | 30F10-31F1 | ネクタイピン | ||
| 229 | 2001/03/19 | 殺意の陶芸教室(後編) | メッセージ | |||
| M04 | 2001/04/02 | 瞳の中の暗殺者 | 映画 | ---- | あなたがいるから | |
| 230 | 2001/04/16 | 謎めいた乗客(前編) | 29F3-F5 | バックミラー | 恋はスリル、ショック、 サスペンス (205~230) |
Start in my life (219~232) |
| 231 | 2001/04/23 | 謎めいた乗客(後編) | サンダル | destiny (231~258) |
||
| 232 | 2001/05/07 | マンション転落事件 | ORG | 時計の音 | ||
| 233 | 2001/05/14 | 消えなかった証拠(前編) | 29F6-F8 | 座布団の痕跡 | always (233~247) | |
| 234 | 2001/05/21 | 消えなかった証拠(後編) | 割れたワイン | |||
| 235 | 2001/05/28 | 密室のワインセラー | ORG | 車のキー | ||
| 236 | 2001/06/04 | 南紀白浜ミステリーツアー(前編) | ORG | 化粧品 | ||
| 237 | 2001/06/11 | 南紀白浜ミステリーツアー(後編) | お寿司 | |||
| 238 | 2001/06/18 | 大阪"3つのK"事件(前編) | 29F9-F11 | 硝煙反応 | ||
| 239 | 2001/06/25 | 大阪"3つのK"事件(後編) | 車内トイレ | |||
| 240 | 2001/07/02 | 新幹線護送事件(前編) | 30F1-F3 | 新聞 | ||
| 241 | 2001/07/09 | 新幹線護送事件(後編) | 赤・白・青 | |||
| 242 | 2001/07/16 | 元太少年の災難 | 30F8-F9 | 携帯電話 | ||
| 243 | 2001/07/23 | 毛利小五郎のニセ者(前編) | 31F2-F4 | 蛍光灯 | ||
| 244 | 2001/07/30 | 毛利小五郎のニセ者(後編) | 回転 | |||
| 245 | 2001/08/06 | ヒマワリ館の銃声 | ORG | 傷だらけの携帯電話 | ||
| 246 | 2001/08/13 | 網にかかった謎(前編) | 31F5-F7 | 砂浜の舟 | ||
| 247 | 2001/08/20 | 網にかかった謎(後編) | 陶芸用の土 | |||
| 248 | 2001/08/27 | 癒しの森のアリバイ | ORG | 色紙 | 青い青いこの地球に (248~265) | |
| 249 | 2001/09/03 | アイドル達の秘密(前編) | 32F5-F7 | 穴だらけの軍手 | ||
| 250 | 2001/09/10 | アイドル達の秘密(後編) | 馬の蹄鉄 | |||
| 251 | 2001/09/17 | OK牧場の悲劇 | ORG | シルエット | ||
| 252 | 2001/10/08 | 絵の中の誘拐犯 | ORG | サングラス | ||
| 253 | 2001/10/15 | 本庁の刑事恋物語4(前編) | 32F11-33F1 | 腕時計 | ||
| 254 | 2001/10/22 | 本庁の刑事恋物語4(後編) | 紅葉 | |||
| 255 | 2001/10/29 | 松江玉造連句14番勝負(前編) | ORG | 発句 | ||
| 256 | 2001/11/05 | 松江玉造連句14番勝負(後編) | 賽銭箱 | |||
| 257 | 2001/11/12 | 世にも奇妙な天罰 | ORG | ストラップ | ||
| 258 | 2001/11/19 | シカゴから来た男(前編) | 32F8-F10 | P and A | ||
| 259 | 2001/11/26 | シカゴから来た男(後編) | うろこ | Winter Bells (259~270) |
||
| 260 | 2001/12/03 | 揺れるレストラン | ORG | 足跡 | ||
| 261 | 2001/12/10 | 雪の夜の恐怖伝説(前編) | ORG | 傷 | ||
| 262 | 2001/12/17 | 雪の夜の恐怖伝説(後編) | 傘 | |||
