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*概要
&bold(){マルドゥック機関}とは、「エヴァンゲリオンのパイロットとなる子供を選出するための、人類補完委員会直属の諮問機関」とされている。
マルドゥック機関からの報告書によってチルドレンがNERVに配属される。

*詳細
京都府に存在する外資系のケミカル会社「シャノンバイオ」を始めとする108の関連企業を持つとされる。しかしその組織や関連企業の実態はなく、陰で操っているのは碇ゲンドウ、即ちNERVによる自作自演である。
名前の由来は古代バビロニアの主神で50の異名を持つマルドゥク（マルドゥーク、MARDUK）から。