| プロローグA | ブラックリベリオン | |||
| ガウェイン（ゼロ） 紅蓮弐式（カレン） 月下（藤堂） 無頼（玉城） | ||||
| プロローグB | ガンダム殲滅指令 | |||
| ・前半MAP ガンダムエクシア（刹那） ガンダムキュリオス（アレルヤ） ガンダムナドレ（ティエリア） |
・後半MAP ウィングガンダム（ヒイロ） ガンダムヘビーアームズ（トロワ） ガンダムサンドロック（カトル） ガンダムデスサイズ（デュオ） シェンロンガンダム（五飛） | |||
| プロローグC | 世界最後の日 | |||
| ダイグレン（ダヤッカ） グレンラガン（シモン） 真ゲッター1（竜馬） ヨーコMタンク（ヨーコ） キングキタン（キタン） | ||||
| 第1話 | ファイティング・ガール | |||
| ブラスタEs（エスター） ガンダムデスサイズ（デュオ） ガンダムサンドロック（カトル） | ||||
| 第2話 | 逃亡者 | |||
| 紅蓮弐式甲壱型腕装備（カレン） 無頼（C.C.） | ||||
| 第3話 | 太陽の使者・鉄人28号 | |||
| 鉄人28号（正太郎） VF-25Fメサイア（アルト） RVF-25メサイア（ルカ） VF-27γルシファー（ブレラ） | ||||
| 分岐 | 日本ルート | 宇宙ルート | 中東ルート | クメンルート |
| 鉄人28号 | マクロスF | ガンダムW | コードギアス | |
| 第4話 | 竹尾ゼネラルカンパニー奮戦記 | セカンド・カミング | 迷える戦士達 | アッセンブルEX-10 |
| ザンボット3（勝平） トライダーG7（ワッ太） シャトル（柿小路） ガンダムDX（ガロード） キングゲイナー（ゲイナー） パンサー（サラ） |
マクロス･クォーター（ジェフリー） VF-25Sメサイア（オズマ） VF-25Gメサイア（ミシェル） ソーラーアクエリオン（アポロ） クァドラン・レア（クラン）（クリア後） VB-6ケーニッヒモンスターS（カナリア）（クリア後） |
ガンダムヘビーアームズ（トロワ） リーオー（ヒイロ） ガンダムエクシアリペア（刹那） |
マーシィドッグ（キリコ） ダイビングビートル（カン・ユー） ダイビングビートル（ポタリア） ダイビングビートル（キデーラ） ベルゼルガ（シャッコ） | |
| 第5話 | 広報2課の憂鬱 | トゥウインクル・スター | OZとアロウズ | 渦中 |
| ダイ・ガード（赤木） | ガンダムエクシアリペア（刹那） | シェンロンガンダム（五飛） | 限定顔グラ＆カットイン（カレン） | |
| 第6話 | 登場！ ドイツの鬼伯爵！ | 忍び寄る脅威 | 彷徨う天使達 | 介入 |
| マジンガーZ（甲児） ビューナスA（さやか） ガンダムエクシアリペア（刹那） |
VF-25Fメサイア・SP VF-25Gメサイア・SP RVF-25メサイア・SP VF-25Sメサイア・AP ガイヤー（タケル） コスモクラッシャー（ケンジ） |
セラヴィーガンダム（ティエリア） | ガンダムエクシアリペア（刹那） ダイビングビートル（カン・ユー） | |
| 第7話 | 対決！悲しみの青きドナウ！ | 次元歪曲宙域 | 反逆の翼 | 暗転 |
| ・クリア後、宇宙ルート組と合流 | バルディオス（マリン） VF-25Fメサイア・TP VF-25Gメサイア・TP VF-25Sメサイア・AP（オズマ） RVF-25メサイア・SP（ルカ） ・クリア後、日本ルート組と合流 |
Zガンダム（カミーユ） メタス（ファ） ウイングガンダム（ヒイロ） デスティニーガンダム（シン） フォースインパルスガンダム（ルナマリア） ・クリア後、クメン組と合流 |
ブルーティッシュドッグ（フィアナ） ダイビングビートル（ポタリア） ダイビングビートル（キデーラ） ベルゼルガ（シャッコ） ・クリア後、中東組と合流 | |
| 合流 | 日本/宇宙ルート | 中東/クメンルート | ||
| 第8話 | 嵐の予兆 | ツインドライヴ | ||
| ガンダムエクシアリペア（刹那） ダブルオーガンダム（刹那） | ||||
| 第9話 | ぼくらはみんな生きている | 魔神が目覚める日 | ||
| ソルグラヴィオン（斗牙） グラントルーパー（フェイ） |
無頼（C.C.） 無頼（ゼロ） 限定顔グラ＆カットイン（カレン） | |||
| 第10話 | 平穏との別離 | もう一人のロックオン | ||
| VF-27γルシファー（ブレラ） ノヴァイーグル（葵） ダンクーガノヴァ（葵） |
ケルディムガンダム（ロックオン） プトレマイオス2（スメラギ） 百式（クワトロ）（NPC） トールギス（ゼクス）（NPC） パールネイル（マルグリット）（NPC） | |||
| 第11話 | 扉の向こうから | アレルヤ奪還作戦 | ||
| パールネイル（マルグリット）（NPC） | アリオスガンダム（アレルヤ） | |||
| 第12話 | 悪意と嘘を越えて | 百万のキセキ | ||
| 紅蓮弐式甲壱腕型装備（カレン） 紅蓮可翔式（カレン） 斬月（藤堂） 暁直参仕様（朝比奈） 暁直参仕様（千葉） 暁直参仕様（C.C.） イカルガ（ゼロ） | ||||
| 第13話 | 時空震動、再び | 戦雲の扉 | ||
| バルゴラ・グローリー（セツコ） | バルゴラ・グローリー（セツコ） | |||
| 第14話 | 動き出す世界 | 与えられた力 | ||
| スコープドッグRSC（キリコ） Zガンダム（カミーユ） ウイングガンダム（ヒイロ） ガンダムヘビーアームズ（トロワ） デスティニーガンダム（シン） ダブルオーガンダム（刹那） ケルディムガンダム（ロックオン） アリオスガンダム（アレルヤ） セラヴィーガンダム（ティエリア） プトレマイオス2（スメラギ） 紅蓮可翔式（カレン） 暁直参仕様（C.C.） イカルガ（ゼロ） ・クリア後、中東/クメン組合流 |
ザンボット3（勝平） トライダーG7（ワッ太） バルディオス（マリン） 鉄人28号（正太郎） ガイヤー（タケル） ガンダムDX（ガロード） ダンクーガノヴァ（葵） VF-25Fメサイア・TP（アルト） マクロス・クォーター（ジェフリー） マジンガーZ（甲児） ダイ・ガード（赤木） キングゲイナー（ゲイナー） ソルグラヴィオン（斗牙） ソーラーアクエリオン（アポロ） ガンダムヘビーアームズ（トロワ）（クリア後） ・クリア後、日本/宇宙組合流 | |||
| 第15話 | マン・アズ・ビフォー | |||
| ブラスタ（クロウ） | ||||
| 第16話 | 次元の心央 | |||
| バルゴラ・グローリー（セツコ）（クリア後） | ||||
| 第17話 | 朱禁城の花嫁 | |||
| 蜃気楼（ゼロ） シェンロンガンダム（五飛） 神虎（星刻） | ||||
| 第18話 | アッシュフォード・ラプソディ | |||
| ランスロット・コンクエスター（スザク） トリスタン（ジノ） モルドレッド（アーニャ） | ||||
| 第19話 | それぞれの戦場 | |||
| トールギス（ゼクス） ウイングガンダム（ヒイロ）（クリア後） | ||||
| 第20話 | 白と黒と | |||
| ベルゼルガ（シャッコ） ビッグオー（ロジャー） ∀ガンダム（ロラン） エンペランザ（ゲイン） ドミネーター（シンシア） | ||||
| 分岐 | 地上ルート | 宇宙ルート | ||
| コードギアス ボトムズ トライダーG7 ザンボット3 ダイ・ガード 鉄人28号 マジンガー キングゲイナー ガンダムX ∀ガンダム ビッグオー |
マクロスF ガンダム00 ガンダムW Zガンダム ガンダムSEED DESTINY アクエリオン グラヴィオンツヴァイ バルディオス ゴッドマーズ ダンクーガノヴァ | |||
| 第21話 | 時の流れに | 伝説の歌声 | ||
| タワー（隼人） グラパール（ギミー） グラパール（ダリー） |
VF-19改Fバルキリー（バサラ）（NPC） | |||
| 第22話 | 出撃！！ 新たなる戦士たち！ | ランカ・アタック | ||
| 真ゲッター1（號） ステルバー（シュワルツ） 真ゲッター2, 3（渓、凱）（クリア後） |
ガンダムサンドロック（カトル）(開始前) VF-27γルシファー（ブレラ） VF-19改Fバルキリー（バサラ） VF-22S SボーゲルII（ガムリン） | |||
| 第23話 | あなたは何もわかっていない | 悲しみのカトル | ||
| グレンラガン（シモン） ウォーカーギャリア（ジロン） ザブングル（エルチ） |
ストライクフリーダム（キラ） ∞ジャスティス（アスラン） ガンダムデスサイズ（デュオ）(クリア後) シェンロンガンダム（五飛）(クリア後) | |||
| 第24話 | あなたはもう必要ないのです | ゼロと呼ばれたG | ||
| 真ゲッター1, 2, 3(「真ゲッターチェンジアタック」武器追加) ・クリア後、宇宙ルート組と合流 |
プトレマイオス2（サブパイロット「アニュー」追加）（開始前） ガンダムデスサイズヘル（デュオ） ガンダムサンドロック改（カトル） アルトロンガンダム（五飛） トーラス（ヒルデ） セラヴィーガンダム(「セラフィム分離攻撃」武器追加) ・クリア後、地上ルート組と合流 | |||
| 第25話 | 終わらない約束 | |||
| ニルヴァーシュspec2（レントン） ガンレオン（ランド） ブラスタEs（エスター） | ||||
| 第26話 | 冥府への転落 | |||
| ボスボロット（ボス） 限定戦闘：あしゅら援護攻撃 VF-19改Fバルキリー（バサラ）（クリア後） VF-22S SボーゲルII（ガムリン）（クリア後） | ||||
| 第27話 | ゼロVSゼロ | |||
| 第28話 | 暗黒よりの使者 | |||
| ブラックオックス（ブラックオックス）（NPC） ゴッドシグマ（闘志也） | ||||
| 第29話 | 戦士達の叫び | |||
| ガンダムエピオン（ヒイロ）（ゼロシステム発動まで） ダブルオーガンダム ダブルオーライザー（サブパイロット「沙慈」追加） アレルヤ（特殊スキル「融合」追加） Zガンダム（特殊能力「バイオセンサー」追加） ウイングガンダムゼロ（ヒイロ） トーラス（ノイン） ガンダムヘビーアームズ改（トロワ） トーラス（ヒルデ）カラー変更（クリア後） | ||||
| 第30話 | 一点突破 | |||
| オーガス（桂）(開始前) ガンレオン（ランド）（クリア後） | ||||
| 第31話 | ジ・アンブレイカブル | |||
| ブラスタ（クロウ） アクシオ・スコートSPⅡ（クロウ）（乗換えイベント発生まで） リ・ブラスタ （クロウ） | ||||
| 分岐 | 地上ルート | 宇宙ルート | ||
| ザンボット3 トライダーG7 ダイ・ガード 鉄人28号 マジンガーZ キングゲイナー ゴッドシグマ バルディオス ビッグオー ゴッドマーズ ザブングル ボトムズ ゲッター グラヴィオン ダンクーガノヴァ グレンラガン コードギアス |
マクロスF マクロス7 ガンダム00 ガンダムW Zガンダム ガンダムSEED DESTINY ガンダムX ∀ガンダム オーガス エウレカセブン アクエリオン | |||
| 第32話 | 奪われた鉄人 | メメントモリ攻略戦 | ||
| ブラックオックス（ブラックオックス） コクボウガー（飯塚） ドナウα1（ローレライ） 鉄人28号(「鉄人フルパワー」武器追加) |
ダブルオーライザー(「トランザムライザーソード」武器追加) ケルディムガンダム(「GNヘビーウェポン」「トランザム(連続攻撃)」武器追加) セラヴィーガンダム(「GNヘビーウェポン」武器追加) アリオスガンダム(「GNヘビーウェポン」武器追加) プトレマイオス2(特殊能力「トランザム」追加) νガンダム（アムロ） | |||
| 第33話 | ブラック・アヴェンジャー | 散りゆく光の中で | ||
| ブラックゲッター（竜馬） | アリオスガンダム(「アーチャー連携攻撃」武器追加) ∀ガンダム(「月光蝶」武器追加) ティエレン全領域対応型（セルゲイ）（NPC） ガンダムエピオン（ミリアルド）（NPC） GN-XIII（アンドレイ）（NPC） GN-XIII（コーラサワー）（NPC） アヘッド（スマルトロン）（ルイス）（NPC） | |||
| 第34話 | 亡者再臨 | 白き牙 | ||
| R-ダイガン（エイーダ）（超獣合神まで） ファイナルダンクーガ（忍） ダンクーガノヴァ（葵） ダンクーガノヴァマックスゴッド（葵） |
百式（クワトロ） アニュー アニュー 百式(「モビルスーツ隊連携攻撃」武器追加)（クリア後） | |||
| 第35話 | 昨日への決別 | 明日へのあがき | ||
| シュロウガ（アサキム） キングゲイナー(「オーバーヒート」武器追加) ・クリア後、宇宙ルートと合流 |
シュロウガ（アサキム） ・クリア後、地上ルートと合流 | |||
| 第36話 | 加速する世界 | |||
| タワー（隼人） スモー（ゴールドタイプ）（ハリー） ガンダムエアマスターバースト（ウィッツ） ガンダムレオパルドデストロイ（ロアビィ） エターナル（ラクス） ガンダムXディバイダー（ジャミル） ジェニス改エニルカスタム（エニル） ガンダムDX ガンダムDX+Gファルコン（サブパイロット「パーラ」追加） パールネイル（マルグリット） デスティニーガンダム(「フルウェポン・コンビネーション」武器追加)（クリア後） | ||||
| 第37話 | 銀河をステージに | |||
| VF-19改FバルキリーF(「DYNAMITE EXPLOSION」武器追加) VF-22S SボーゲルIIF(「DYNAMITE EXPLOSION」合体攻撃追加) タワー（隼人）（クリア後） | ||||
| 分岐 | 暗黒大陸ルート | エリア11ルート | ||
| コードギアス系、ウイングガンダムゼロ（ヒイロ）以外のメンバー全員 | コードギアス系 ウイングガンダムゼロ（ヒイロ） | |||
| 第38話 | 告げられる絶望 | 過去からの刺客 | ||
| ・前半MAP ヨマコ（ヨマコ） ・後半MAP ウォーカーギャリア（「ICBM投げ」武器追加） ダイターン3（万丈） グレンラガン（サブパイロット「ヴィラル」追加）（「Wブーメランスパイラル」、「ギガドリルマキシマム」武器追加） |
紅蓮可翔式（カレン） 神虎（星刻） | |||
| 第39話 | 禁断の継承者 | |||
| ヴィンセント可翔式（ロロ） サザーランド（ジェレミア） スコープドッグ（キリコ）(クリア後） 暁直参仕様（C.C.）(クリア後） | ||||
| 第40話 | 歌え、誰かのために | |||
| 紅蓮聖天八極式（カレン） オーガス（「オーガス・コンビネーション」武器追加） | ||||
| 分岐 | 日本ルート | フロンティア船団ルート | ||
| ザンボット3 ダイターン3 トライダーG7 ダイ・ガード 鉄人28号 マジンガーZ キングゲイナー ゴッドシグマ バルディオス ビッグオー ゴッドマーズ ザブングル ゲッター グラヴィオン ダンクーガ、ダンクーガノヴァ アクエリオン グレンラガン |
マクロスF マクロス7 ガンダム00 ガンダムW Zガンダム ガンダムSEED DESTINY ガンダムX ∀ガンダム オーガス コードギアス ボトムズ エウレカセブン | |||
| 第41話 | 遺恨！ くろがね屋の一番長い日！ | トライアングラー | ||
| ボスボロット（ボス） ビューナスA（「マジンガー軍団一斉攻撃」武器追加） マジンガーZ（ゴッドスクランダー）（甲児） |
・前半MAP アーマードクラン（クラン） VF-22S SボーゲルII(「大型対艦反応弾」武器追加)（クリア後） VF-25Fメサイア(「反応弾」「MDE弾」武器追加)（クリア後） VF-25Gメサイア(「反応弾」「MDE弾」武器追加)（クリア後） | |||
| 第42話 | 父ちゃんから受け継いだもの | 異能者 | ||
| シャトル（柿小路） シャトル（新）（柿小路） トライダーG7(「トライダー・ルアー」武器追加) ザンボット3(「コンビネーション・アタック」武器追加) バルディオス(「バルディロイザー」武器追加) ゴッドシグマ(「トリニティウイング」武器追加) ダイ・ガード(「グレートノットパニッシャー」武器追加) |
スコープドッグRM（キリコ）（NPC） ベルゼルガ（シャッコ）（クリア後） ブルーティッシュドッグ（フィアナ）（クリア後） スコープドッグTC・LRS(グレゴルー）（クリア後） | |||
| 第43話 | 闇を断つ牙 | 修羅 | ||
| ゴッドΣグラヴィオン（サンドマン） ドラゴンズハイヴ（F.S. ） ダンクーガ（「ファイナル断空光牙剣」武器追加） |
・後半MAP ラビドリードッグ（キリコ） スコープドッグTC・LRS（クリア後） スコープドッグTC・ISS（クリア後） スコープドッグ（クリア後） 暁直参仕様（C.C.）（クリア後） | |||
| 第44話 | 降臨！！ 終末を呼ぶ邪神！ | |||
| ヨーコMタンク(ヨーコ) キングキタン(キタン) グラパール(「スピンバリヤー弾ライフル」武器追加) タワー（敷島） 真ゲッター1, 2, 3（號、渓、凱） 真ゲッター1, 2, 3（竜馬、隼人、弁慶） ソーラーアクエリオン(「太陽剣」武器追加) 真ゲッター1(「ストナーサンシャイン」武器追加) ステルバー(「スーパーロボット軍団一斉攻撃」武器追加)（クリア後） ブラックゲッター（3人乗り可能）（クリア後） | ||||
| 第45話 | 次元力 | |||
| リ・ブラスタ(「アンブレイカブル・フルクラム」武器追加) パールネイル（マルグリット）（クリア後） | ||||
| 第46話 | 失われし聖王国 | |||
| ニルヴァーシュ specV（レントン） ビッグオー(「ファイナル・ステージ」武器追加) ブラスタEs（エスター） | ||||
| 第47話 | 死線！ 総攻撃Dr.ヘル！ | |||
| マジンガーZ(「ロケットパンチ百連発」武器追加) | ||||
| 第48話 | ゴッドブレス・ユニバース | |||
| ダンクーガ、ダンクーガノヴァ(「断空双牙剣」武器追加) コスモクラッシャー（サブパイロット「ロゼ」追加） | ||||
| 第49話 | ゼロとルルーシュ | |||
| ・ゼロ・レクイエムルート選択 サザーランド・ジーク（ジェレミア） ヴィンセント可翔式（ロロ) 蜃気楼（ゼロ）（クリア後） 暁直参仕様（C.C.）（クリア後） ・黒の騎士団ルート選択 サザーランド・ジーク（ジェレミア） ヴィンセント可翔式（ロロ) | ||||
| 分岐 | ゼロ・レクイエムルート | 黒の騎士団ルート | ||
| ゼロを信じない(1週目・ゼロポイント5未満) | ゼロを信じてみる(1週目・ゼロポイント5以上) | |||
| 第50話 | 皇帝失格 | 超合集国決議第壱号 | ||
| ・前半MAP 蜃気楼（ゼロ） |
||||
| 第51話 | シュナイゼルの仮面 | 戦乱の王ピースクラフト | ||
| ランスロット・アルビオン（スザク） | ||||
| 第52話 | 混迷の戦場 | 決死のエンドゲーム | ||
| 暁直参仕様（C.C.）（出撃前） ランスロット・フロンティア（C.C.）（出撃前） | ||||
| 第53話 | 堕ちてくる月 | 最後の勝利者 | ||
| アークグレン（ダヤッカ） グレンラガン(「バーストスピニングパンチ」武器追加) |
||||
| 第54話 | 絶望の世界 | 決戦！！果てなき進化へ！ | ||
| ・前半MAP アークグレン（ダヤッカ） 真ゲッタードラゴン（號） バルゴラ・グローリー（セツコ）（EN、運動性強化＆一部武器攻撃力増加状態） ガンレオン（ランド）（「ペイン・シャウター」「ザ・ヒートクラッシャー」武器追加状態） ゴッドマーズ（「スーパーファイナルゴッドマーズ」武器追加） VF-25SメサイアF・AP（オズマ）(「MDE弾」「反応弾」武器追加状態)（クリア後） RVF-25メサイアF・SP（ルカ）(「MDE弾」「反応弾」武器追加状態)（クリア後） |
真ゲッタードラゴン（號） バルゴラ・グローリー（セツコ）（EN、運動性強化＆一部武器攻撃力増加状態） ガンレオン（ランド）（「ペイン・シャウター」「ザ・ヒートクラッシャー」武器追加状態） VF-25SメサイアF・AP（オズマ）(「MDE弾」「反応弾」武器追加状態) RVF-25メサイアF・SP（ルカ）(「MDE弾」「反応弾」武器追加状態) トリスタン・ディバイダー（ジノ） モルドレッド(アーニャ) ターミナス 303 SP（ホランド） | |||
| 第55話 | アナタノオト | 復活の暗黒神 | ||
| VF-27γルシファー（ブレラ） YF-29 デュランダル（アルト） マクロス・クォーター強攻型（「マクロスアタック」武器追加） RVF-25メサイア（「ゴースト・ユダシステム」武器追加） VF-25FメサイアF（アルト機）（換装パーツ「アーマードパック」追加）（クリア後） |
アークグレン（ダヤッカ） グレンラガン(「バーストスピニングパンチ」武器追加) | |||
| 第56話 | BEYOND | 奈落への螺旋 | ||
| ガンダムエピオン（ミリアルド） ランスロット・アルビオン（スザク） 刹那（特殊スキル「イノベイター」追加） |
・前半MAP アークグレン（ダヤッカ） ゴッドマーズ（「スーパーファイナルゴッドマーズ」武器追加） | |||
| 第57話 | ゼロ・レクイエム | ネクスト・フロンティア | ||
| トリスタン・ディバイダー（ジノ） モルドレッド(アーニャ) 蜃気楼（ゼロ）（クリア後） ランスロット・フロンティア（C.C.）（クリア後） ランスロット・アルビオン（スザク）（クリア後） サザーランド・ジーク（ジェレミア）（クリア後） |
ダブルオーライザー ダブルオーガンダム マクロス・クォーター強攻型（「マクロスアタック」武器追加） | |||
| 第58話 | 閃光！！ 進化の果て！ | 革新 | ||
| 聖王機ジ・インサー(ユーサー)(NPC) | ダブルオーガンダム ダブルオーライザー（刹那）(特殊スキル「イノベイター」追加) VF-27γルシファー（ブレラ） YF-29 デュランダル（アルト） RVF-25メサイア（「ゴースト・ユダシステム」武器追加） VF-25FメサイアF（アルト機）（換装パーツ「アーマードパック」追加）（クリア後） | |||
| 第59話 | 最後の聖王 | 大逆のインサラウム | ||
| 最終話 | 再世の未来 | 再世する次元 | ||
