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前作から追加された要素

追加機体一覧（出典別）

• ガンダム（フル装備）

• フィッシュアイ（水中型ボール）

• ジム改高機動型
• ジムスナイパーⅢ
• ガンダムＴＲ－１（ヘイズル）
• ガンダムＴＲ－１・ＦＡ（ヘイズル装甲強化形態）
• ガンダムＴＲ－１（ヘイズル強襲形態）
• ガンダムＴＲ－１（ヘイズル最終形態）
• リック・ドム（シュトゥッツァー）
• ゲルググ（シュトゥッツァー）

• ネモⅡ
• ネモⅡ/ドダイ改搭乗
• ネモⅢ
• ネモⅢ/ドダイ改搭乗
• メタス改
• メタス改・ＭＡ
• ガンキャノンディテクター
• ガンキャノンディテクター/ドダイ改搭乗
• リック・ディアス改
• リック・ディアス改/ドダイ改搭乗
• ディジェＳＥ－Ｒ
• ディジェＳＥ－Ｒ/ドダイ改搭乗
• デルタガンダム
• デルタガンダム（ＭＡ形態）
• 百式改
• 百式改/ドダイ改搭乗
• 陸戦用百式改
• 陸戦用百式改/ドダイ改搭乗
• フルアーマーガンダムＭｋ－Ⅱ
• ガンダムＭｋ－Ⅲ
• ガンダムＭｋ－Ⅲ/ドダイ改搭乗
• フルアーマーガンダムＭｋ－Ⅲ
• ＺⅡ
• ＺⅡ（ウェイブライダー形態）

• ＺプラスＡ１型
• ＺプラスＡ１型（ウェイブライダー形態）
• ＺプラスＡ１型・アムロカラー
• ＺプラスＡ１型・アムロカラー（ウェイブライダー形態）
• ＺプラスＡ２型
• ＺプラスＡ２型（ウェイブライダー形態）
• ＺプラスＣ１型
• ＺプラスＣ１型（ウェイブライダー形態）
• ネロ
• ネロ/ベースジャバー搭乗
• ネロ・トレーナータイプ
• ネロ・トレーナータイプ/ベースジャバー搭乗
• ＥＷＡＣネロ
• ＥＷＡＣネロ（ベースジャバー搭乗）
• Ｓガンダム
• Ｓガンダム（ブースター装着）
• Ex-Sガンダム
• Ｇクルーザーモード
• Ｇアタッカー
• Ｇボマー
• ＦＡＺＺ
• ゼク・アイン（第一種兵装）
• ゼク・アイン（第一種兵装/ベースジャバー搭乗）
• ゼク・アイン（第二種兵装）
• ゼク・アイン（第二種兵装/ベースジャバー搭乗）
• ゼク・アイン（第三種兵装）
• ゼク・アイン（第三種兵装/ベースジャバー搭乗）
• ゼク・アイン指揮官用（第一種兵装）
• ゼク・アイン指揮官用（第一種兵装/ベースジャバー搭乗）
• ゼク・アイン指揮官用（第二種兵装）
• ゼク・アイン指揮官用（第二種兵装/ベースジャバー搭乗）
• ゼク・アイン指揮官用（第三種兵装）
• ゼク・アイン指揮官用（第三種兵装/ベースジャバー搭乗）
• ゼク・ツヴァイ
• ガンダムＭｋ－Ⅴ
• ガンダムＭｋ－Ⅴ/ベースジャバー搭乗
• ガンダムＭｋ－Ⅴ（オーガスタ研究所仕様）
• ガンダムＭｋ－Ⅴ（オーガスタ研究所仕様）/ベースジャバー搭乗
• ガザＥ
• ガザＥ（ＭＡ形態）
• ゾディ・アック
• ゾアン

• メッサー
• メッサー（ドダイ改搭乗）
• グスタフ・カール
• グスタフ・カール（ベースジャバー搭乗）
• Ξガンダム
• Ξガンダム（飛行形態）
• ペーネロペー
• ペーネロペー（飛行形態）

追加人材一覧

• アムロ・レイ（ロンド・ベル）
• ヘルベルト・フォン・カスペン
• マフティー・ナビーユ・エリン
• ギギ・アンダルシア
• ケネス・スレッグ
• レーン・エイム
• テム・レイ

システム的な追加・変更点

• テム・レイ軍が追加
• 難易度ＨＥＬＬ・スペシャルモードが追加
• 部隊数が200から250に変更
• コマンド「人事」が消滅。「部隊」コマンドから配属可能
• 「特別」コマンドから「資源」から「資金」に変換可能
• 戦艦からスタック状態で出撃可能
• 全体的な機体・キャラクターのパラメータの見直し
• ＶＥＲＹ　ＥＡＳＹを選択し開始すると、通常より強力な兵器が始めから配備
• ＣＯＭの思考能力の強化。戦術面で状況不利だと撤退、有利の場合は損傷の激しい相手を攻める。
• サブフライトシステムから離脱した後、今作では戦艦に戻らなくてもその場で「変形」で再搭乗可能。
• 「飛行ユニット排除」の改造に資金１００かかるようになりました。（飛行ユニット排除しないと別機体への改造ができない為、地味に金がかかる。）
• エリア制圧後、ＭＳは戦艦に帰還するようになった。

シナリオ的な追加・変更点

• V作戦の進行が個々の基本開発期間の短縮により結果として早まった。
• マグネット・コーティング技術に必要な基礎技術レベルが下がった。
• ルナツーでホワイトベース隊を早々に解散させても、ブライト、スレッガーのニ名以外は第二部開始時に抜けるのを確認。
• 一部早期クリア後のボーナスが、設計図ではなく直接生産可能になる仕様に変化。
• アムロ・レイ（エゥーゴ）の顔が以前と変わった。
• 連邦軍第三部開始時にアムロの顔がロンドベル仕様に変化。
• ジオン公国軍にてラコックが追加（というより修正）
• ケネスとレーンは連邦第三部にてカオスで加入。
• 連邦2部で「オーガスタ研究所設立」「ムラサメ研究所設立」の特別プランが、ティターンズ出現と同時に消滅。「ティタ出現後に研究所プラン実行で、フォウ＆ロザミアの引き抜き回避」が不可能に。

パイロットの変更点

• シロッコ　格闘・反応＋１
• サラ　格闘＋１　耐久－２　反応－１　ＮＴレベル－１
• ヤザン　耐久－５　反応＋５　
• ジュドー　魅力－１　格闘＋２　反応＋１
• ランバ・ラル　指揮・格闘－１
• ゲーツ　ＮＴレベル＋１
• イリア　ＯＴからＮＴレベル２に変更
• ルー　ＯＴからＮＴレベル１に変更
• サトウ　魅力＋３　射撃＋４　格闘＋２　反応＋５（変わりすぎ…）
• アイナ　魅力＋４
• クリス　成長タイプの変更

その他の追加・変更点

• これは前作「アクシズの脅威」での変更点ではないが、連邦編第一部にて１００ターンを迎えると、停戦となり戦後EDとなる。つまり、第二部、第三部の展開は続かないので注意。ジオン公国も同様。「系譜」と違い判定勝利や判定敗北はないので何が何でも勝つ気概で。
  ただ、人類が戦争の悲惨さを実感し停戦するなかなかの良EDなので一度見てみるのもいいかもしれない。